多肽合成是一個重復(fù)添加氨基酸的過程，固相合成順序一般從C端（羧基端）向 N端（氨基端）合成。過去的多肽合成是在溶液中進行的稱為液相合成法，現(xiàn)在多采用固相合成法，從而大大的減輕了每步產(chǎn)品純化的難度。液相多肽合成現(xiàn)在仍然廣泛的使用，在合成短肽和多肽片段上具有合成規(guī)模大，合成成本低的顯著優(yōu)點，而且由于是在均相中進行反應(yīng)，可以選擇的反應(yīng)條件更加豐富，象一些催化氫化，堿性水解等條件，都可以使用，這在固相中，使用卻由于反應(yīng)效率低，以及副反應(yīng)等原因，無法應(yīng)用。液相多肽合成中主要采用BOC和Z策略。
1963年，R.B.Merrifield創(chuàng)立了將多肽羧基端的氨基酸固定在不溶性樹脂上，然后在此樹脂上依次偶聯(lián)氨基酸，延長肽鏈、合成多肽的固相合成法，在固相法中，每步反應(yīng)后只需簡單地洗滌樹脂，便可達到純化目的?？朔私?jīng)典液相合成法中的每一步產(chǎn)物都需純化的難題，為多肽的自動化合成奠定了基礎(chǔ)。為此，Merrifield獲得1984年諾貝爾化學(xué)獎。自Merrifield發(fā)展成功了固相多肽合成方法以來，經(jīng)過不斷的改進和完善，到今天固相法已成為多肽合成的常規(guī)方法。
在固相合成過程中，為了防止副反應(yīng)的發(fā)生，參加反應(yīng)的氨基酸的側(cè)鏈都是被保護的；而羧基端是游離的，并且在反應(yīng)之前必須活化。固相合成策略有兩種，即Fmoc和Boc策略。由于Fmoc比Boc存在很多優(yōu)勢，現(xiàn)在大多采用Fmoc法合成。在一些特定的合成中，仍采用Boc合成策略，比如：在合成硫酯或酯肽時，；在亮丙瑞林的合成過程中，前幾步合成采用Boc策略。
合成過程的每個循環(huán)由以下四步反應(yīng)構(gòu)成，反復(fù)循環(huán)直到肽鏈延伸至所需長度時即可完成。
1.脫保護：Fmoc保護的氨基酸必須用一種堿性溶劑（piperidine、DBU、piperazine等）去除氨基的保護基團。
2.活化：待連接的氨基酸的羧基被活化劑所活化。
3.偶聯(lián)：活化的羧基與前一個氨基酸裸露的氨基反應(yīng)，形成肽鍵。在此步驟使用過量的試劑促使反應(yīng)完成。
4.洗滌：反應(yīng)完成后，用DMF洗滌縮合劑和未反應(yīng)完的氨基酸。